קורות חיים
נולד בשנת תרל"ה (1874), באנגליה, למשפחה מיוחסת.
רכש השכלתו באוניברסיטת קיימברידג', ונודע כאחד מעורכי הדין החשובים באנגליה ומן האמידים שבהם. הוא נחשב באנגליה לאחד מעורכי הדין הגדולים. אולם שמו נתפרסם יותר כמלומד וחוקר-על ידי ספריו בחקירת התנ"ך. מרדכי נגש לחקירת התנ"ך באופן מיוחד במינוי לא כתיאולוג, כחוקר-היסטוריה או כבלשן, אלא כיוריסטן ומשפטן. הוא לומד וחוקר בתחילה את חוקי התורה מבחינת המידע המקצועי שלו: המשפטים. ובהמשך הזמן הוא מעמיק ומרחיב את חקירתו, צולל לעמקי התנ"ך וההיסטוריה הישראלית הקדומה-ומעלה מסקנות המערערות את הדעות וההנחות של בקורת-המקרא החדשה. ביחוד הוא נלחם בעקשנות בתורת ולהאוזן ותלמידיו על "ארבעת המקורות" של המקרא. ומוניטין יוצאים לחקירותיו. הלכותיו מאוששות הן, דעותיו מבוססות על הנחות מדעיות - והמלומדים והחוקרים מעינים בהן בתשומת לב מרובה. החשובים בין ספריו הרבים, שנתחברו באנגלית, הם: א. ההיסטוריה הישראלית הקדומה; ב. נביאי ישראל בהיסטוריה ובבקורת; ג. מחקרים בחוקי התורה.
בשנת תרפ"ג (1923) עולה מרדכי לארץ ישראל. מתישב בירושלים "כדי להבין טוב יותר את רוח התנ"ך". מתפרנס מהונו הגדול. מתרחק מעסקי צבור וממקומות צבור - רק בבית הכנסת רואים אותו מזמן לזמן. כיהודי אדוק בדת. חי בד' אמות של הלכה. כעבור איזו שנים מתקרב וינר לערבים משכילים הוא תורם כספים לצורכי תרבותם, קונה בית על יד השכונה הערבית "שער הפרחים" ושולח תלמידים ערבים לבירות. להשתלמות בלימודים-על חשבונו.
ביום הששי, י"ז באב, נסע מרדכי במכוניתו מביתו ללוות את שני הפועלים היהודים שעבדו אצלו: שמואל גנני ומנחם סבלוני. הוא הבטיח להעבירם אחרי העבודה במכוניתו, ושלא יאונה להם כל רע. בבואם לשער-שכם עצר הנהג "הנאמן" בנסיעתו, והפורעים התנפלו עליהם. "מי אתה?" שאל את מרדכי אחד מן ההמון, אשר חשבו לאנגלי."יהודי אני!" השיב, ובו במקום נרצחו הוא ושני פועליו עמו.
דבר הרצחו של מרדכי עשה רושם עמוק בעולם המדע, ובמכתבי-האבל הרבים, שנתקבלו על ידי מקורביו מהאוניברסיטאות של קיימברידג', גלזגו, הידלברג, מינסטר, אינסברוק, ממכוני מדע שונים, מפרופסורים ומלומדים - ניתן בטוי לאבדה הגדולה, שנגרמה למדע במותו, "כי עם מרדכי וינר, הלך לעולמו מנהיגו של מחנה הנלחמים בהתקפותיה של בקורה-שוא על כתבי הקודש, איש-מדע, אשר מפעלו יוערך יותר ויותר בעתיד, כשהשערות אישיות תפנינה מקום לבקורת מבוססת".
הוא הובא למנוחות בבית העלמין שעל הר הזיתים, ירושלים.
זכרו הונצח בספרים "מלחמה ושלום בא"י", "יזכור לקדושי אב תרפ"ט", וב"אנציקלופדיה לחלוצי הישוב ובוניו".